Service

 

Service der Genomics Facility

Gegenüberstellung - Support Micro-Array und NGS

Mikroarray-Technologie

Mikroarrays sind eine perfekte Option zur Bestimmung der Veränderung bekannter Gene aufgrund einer biologischen Antwort, beispielsweise auf eine Behandlung, in Folge einer Krankheit, im Laufe einer Differenzierung, durch Wegfall oder Überexpression eines bestimmten Gens).

Die Genomics Facility prozessiert sowohl RNS als auch DNS für die Analyse mittels Affymetrix Mikroarrays. Auf diese Weise kann das Transkriptionsprofil für eine Vielzahl von Arten sowohl auf Gen-Ebene als auch für Spleißvarianten erstellt werden; Analysen für miRNS Profile verschiedener Spezies und SNP-Analysen für humane Proben sind ebenfalls möglich.

Für jede verwendete Nukleinsäure werden die Qualität und die Menge bestimmt. Erfüllen diese Bestimmungen den Anforderungen werden diese nach von uns etablierten, standardisierten Methoden anwendungsspezifisch amplifiziert, fragmentiert und mit Biotin endmarkiert, bevor sie zur Hybridisierung mit entsprechenden Mikroarray verwendet werden. Hybridisierte, biotinylierte Nukleinsäuren werden durch PE-Streptavidin unter Verwendung eines leistungsstarken, hochauflösenden Scanners detektiert.

Dem Nutzer können entweder die "cel"-Dateien für seine eigene Bioinformatikanalyse zur Verfügung gestellt werden, oder die Genomics Facility kann die Datenanalyse für Mikroarray-Experimente mit Absprache der Nutzer durchführen.

Formular zur Einreichung von Microarray Experimenten.

NGS

NGS ist eine sehr effiziente Methode in der Molekularbiologie und kann zur Untersuchung einer Vielzahl von verschiedenen Anwendungen, die DNS oder RNS als Ausgangsmaterial haben, verwendet werden. Dabei haben NGS-basierte Verfahren folgend Stärken:

  • Vorkenntnisse des Genoms oder genomischer Merkmale sind nicht unbedingt erforderlich
  • Auflösung bis auf Nukleotidebene und kann somit zum Nachweis verwandter Gene oder Merkmale, alternativ gespleißte Transkripte, nicht-kodierende RNS, Allel-Genvarianten und Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) verwendet werden
  • Hoher dynamischer Signalbereich
  • Kann auch mit wenig DNS- bzw. RNS-Ausgangsmengen durchgeführt werden 

Mit der NGS-Plattform der Genomics Facility sind zahlreiche Anwendungen und Bereiche durchführbar:

  • RNS-Sequenzierungen (RNS-Seq)
  • Total-RNS oder mRNS)- MikroRNS-Sequenzierung (miRNS-Seq)
  • Sequenzierungen lange nicht-codierende RNS-Sequenzen (lncRNS-Seq)
  • Einzelzell-RNS-Sequenzierung (scRNS-Seq)
  • Gesamtgenomsequenzierungen (WGS),
  • Gesamtexomsequenzierungen (WES),
  • ChIP-Sequenzierung (ChIP-Seq - Analyse von Proteininteraktionen mit DNS)
  • Ampli-Seq (gezielte Resequenzierung)
  • Sequenzierung von methylierter DNS (Methyl-Seq)
  • DNase-Seq (Identifizierung regulatorischer Regionen)
  • ATAC-Seq (Chromatinzugänglichkeit) 

Die Genomics Facility bietet ein umfassendes und zuverlässiges Expertenwissen mit experimenteller Beratung, Proben- und „Library“-Vorbereitung, Qualitätskontrolle und Datenanalyse. Die Plattform bietet den Nutzern basale bioinformatische Analysen und weiterführende Analysen.

Siehe auch unten unter Bioinformatik.

Formular zur Einreichung von NGS Experimenten.

Bioinformatik

Die Genomics Facility verwendet moderne bioinformatische Lösungen, um das Big Data-Problem zu lösen, die Analysewartezeiten zu verkürzen und die biologische Forschung zu beschleunigen. Wir bieten aktuelle standardisierte Arbeitsabläufe für die Datenanalyse, eingebettet in eine generische, erweiterbare Bioinformatik-Umgebung. Die Genomics Facility bietet auch fortgeschrittenes Bioinformatik-Support und Downstream-Analysen an. Durch die Archivierung von Sequenzierungsdaten, die Speicherung der Analyseergebnisse und Metadaten in unserer Datenbank, gewährleisten wir eine hohes Maß an Reproduzierbarkeit und ermöglichen schnelle und parametrierte Neuanalysen.

Wir bieten maßgeschneiderte Lösungen für Ihr NGS-Projekt auf verschiedenen Ebenen (u. a.):

  • Bioinformatisches Consulting
  • Mikroarray-Datenanalyse.
  • Standardisierte Datenanalyse-Workflows für diverse NGS-Anwendungen.
  • Fortgeschrittenes bioinformatisches Support, das auf projektspezifische Bedürfnisse zugeschnitten ist.
  • Entwicklung von Analysepipelines für neue Anwendungen auf Anfrage.
  • Einfacher Zugriff auf Analyseergebnisse oder Online-Dienste über unsere Weboberfläche und kurz-, mittel- oder langfristige Speicherung von Sequenzdaten.
  • Aufzeichnung von NGS- und MA-Experimenten und Hochladen von Ergebnissen an GEO (Gene Expression Omnibus).

Zusatzleistungen

Anwender können von der Expertise der Genomics Facility auch bzgl folgender Anwendungen profitieren:

  • DNS- und RNS-Isolierung (u.a. Maxwell RSC)
  • Mengenbestimmung von DNS und RNS (Nanodrop, Quantus)
  • Qualitätskontrolle von DNS und RNS (Tape Station 4200, Bioanalyzer)
  • Fragmentierung von DNS und RNS (Covaris)
  • RT-qPCR